In der Vergangenheit hatte ich auch schon häufiger das Problem die Sitzplätze online nicht ändern zu können, wenn ich über einen Vermittler gebucht habe. Das scheint bei einer Pauschalreise ähnlich zu sein.
Da du über eine Reservierungsnummer von Etihad (6-stellig, nur Buchstaben) verfügst und dir die Buchung anzeigen lassen kannst, kannst du einfach bei Etihad in Berlin anrufen und die Sitzplätze reservieren lassen. Das Personal spricht deutsch und die kostenlose Sitzplatzreservierung gilt für alle Economy Plätze (außer XL-Seats).
Wie du schon richtig festgestellt hast, handelt es sich bei Etihad Flügen mit 4-stelliger Flugnummer um Codeshare Flüge. Dieser wird in deinem Fall von Air Berlin durchgeführt. Für diese Flüge war zumindest in der Vergangenheit eine Sitzplatzreservierung über Etihad nicht möglich, sondern nur über Air Berlin (wenn man den Buchungscode hatte). Diese war dann aber kostenpflichtig.
Bei den unterschiedlichen Buchungscodes, welche dir vorliegen, dürfte es sich wahrscheinlich um Buchungscodes aus unterschiedlichen Buchungssystemen handeln. Hinter Checkmytrip steckt das Buchungssystem Amadeus und Etihad scheint das System Sabre zu verwenden. Ich vermute, dass dein Reiseveranstalter Das Amadeus System nutzt und du daher die beiden unterschiedlichen Buchungsnummern hast. Für die Etihad Buchung kannst du auch die App bzw. Website von Tripcase verwenden. Die funktioniert ähnlich wie Checkmytrip.